De necromancer is een waardig nieuw hoofdstuk in de avonturen van Josh en Sophie die samen met de onsterfelijke Nicolas Flamel de kwaadaardige John Dee bestrijden. Nadat ze gevlucht zijn naar Ojai, Parijs, en daarna naar Londen, zijn Josh en Sophie eindelijk weer thuis. Perenelle, de vrouw van de onsterfelijke Nicolas Flamel, is ontsnapt uit Alcatraz, de gevangenis waar geen ontsnapping mogelijk leek. Maar zij was niet de enige die daar gevangen werd gehouden. Achter de tralies wacht een heel leger van monsters om losgelaten te worden op de thuisstad van de kinderen, San Francisco. Nicholas en Perenelle Flamel moeten nu de strijd aangaan om de stad te verdedigen, maar dat gaat ze waarschijnlijk beiden het onsterfelijke leven kosten en ook die van Josh en Sofie.